नेपाल सरकारले ७ परिच्छेदको राष्ट्रिय सतर्कता केन्द्रको कार्यविधि २०६०।५।१३ मा स्वीकृत गरी लागू गरिसकेको छ । परिच्छेद एक प्रारम्भीक, परिच्छेद दुइ केन्द्रको कार्य सम्पादन सम्बन्धि व्यवस्था, परिच्छेद तीन केन्द्रका प्रमुख अधिकृतको काम, कर्तव्य र अधिकार, परिच्छेद ४ केन्द्रको महाशाखा एव शाखाहरुको व्यवस्था, परिच्छेद ५ सतर्कता सम्बन्धि व्यवस्था (यस केन्द्रले सतर्क गरेको वा दिएको निर्देशन बमोजिम सम्बन्धित व्यक्ति वा निकायले कार्य गरे नगरेको अनुगमन गरी सो नगर्ने उपर केन्द्रमा अभिलेख राखी आवश्यक कार्यवाहीका लागि सम्बन्धित निकायमा लेखी पठाउने), परिच्छेद ६ भ्रष्टाचार विरुद्ध राष्ट्रिय जनचेतना अभिबृद्धि गर्ने विभिन्न सचेतना मूलक कार्यक्रम संचालन र परिच्छेद ७ विविध (केन्द्रको कार्यवाहीको प्रभावकारीता र आवधिक समिक्षा, विशेषज्ञको सेवा लिन सकिने, सूचना संकलन प्रक्रियामा थप व्यवस्था, प्रहरी संगको सम्पर्क र समन्वयका साथै कर्मचारी सम्बन्धि विशेष व्यवस्था गर्ने) रहेका छन् ।